수많은 사람들을 태우고 지구를 탈출한 우주선 람제트는 원인불명의 사고로, 태양계로부터 멀리 떨어진 오오키 행성계의 이즈모 변두리 마을, 야쿠모에 불시착한다. 서로 다른 종족 간의 분쟁 속에서, 우주선에서 태어난 소년 야마토 타케루는 신천지에 완전히 정착하여, 마을 제일의 말썽쟁이로 성장한다. 그러던 어느날, 마을의 금단의 지역에 발을 들여놓은 타케루는 우연히 떨어진 동굴에서 잠들어있는 듯한 거인, 스사노오를 발견한다. 그것은, 100만년 전에 오오키의 7개 혹성을 파괴한 마공전기 중 하나이지만, 타케루는 그러한 사실을 알리가 없다. 게다가 스사노오는 몸 안에 전설의 괴물 "야마타노오로치"를 부활시키기 위해 필요한 "오로치 구슬"을 갖고 있었다. 그리고, 스사노오를 만든 장본인, 츠쿠요미는 야마타노오로치의 부활을 위해 수하의 마공전사들에게 스사노오의 탈취를 명한다. 습격해온 진공전사 미카즈치로부터 마을을 지키기 위하여, 타케루는 영문도
모른채 스사노오를 조종하여 미카즈치를 격퇴하지만, 탑승자의 증오의 감정에 반응하여 움직이는 스사노오는 야쿠모 마을까지도 불태워 버리는데...
